Nach einem Verstoß gegen die Oberste Direktive, die das Eingreifen in die Entwicklung außerirdischer Zivilisationen untersagt, wird Captain Kirk degradiert und seinem langjährigen Mentor unterstellt. Doch nach einer Terrorattacke auf die Zentrale der Sternenflotte erhält Kirk sein Kommando zurück und den Befehl, John Harrison, den Verantwortlichen für den Anschlag, zu töten. Harrisons Flucht ins Territorium der Klingonen ist aber nicht die einzige Überraschung, die Kirk und seine Crew bei dieser Mission erwartet.